
O transepto é um espaço construído perpendicularmente às naves e que confere, à planta da igreja, a forma simbólica da Cruz de Cristo. O ponto de interceção dos eixos vertical e horizontal denomina-se de cruzeiro, sendo este coberto por uma torre lanterna que favorece a iluminação das naves e da capela-mor. Coberta por uma cúpula de nervuras, a torre foi erguida entre 1556 e 1557 por determinação do bispo D. Rodrigo Pinheiro (1552-1572). As amplas janelas datam, no entanto, de 1724.
De raiz medieval, a forma do transepto manteve-se estável ao longo do tempo. As mudanças ocorreram, sobretudo, ao nível das devoções e respetivos espaços de acolhimento, que conheceram várias transformações ao longo dos séculos.

A invocação desta capela remonta ao século XVI, tendo substituído a de São João Batista. Dispunha de uma estrutura própria que foi demolida no século XX. O retábulo foi construído na década de 1720, embora o arranjo atual seja da responsabilidade dos restauros do século passado.
A mesa e banqueta do altar, de embutidos pétreos, foram executadas entre 1719 e 1723, à semelhança das existentes na capela fronteira, dedicada a Santa Ana. O minucioso trabalho em pedras multicolores imita a organização dos modelos em tecido.

São Pantaleão de Nicomedia foi um dos santos mais cultuados no Porto, tendo sido padroeiro da cidade até ao século XX. Segundo a lenda, o seu corpo foi trazido por um grupo de cristãos arménios, em 1453, após a tomada de Constantinopla pelos turcos. A chegada das relíquias a Miragaia fez parar um surto de peste, prodígio que converteu este santo num protetor contra este flagelo. A escultura data do século XVIII.

A existência de uma capela dedicada ao Santíssimo Sacramento ou Corpo de Deus remonta ao século XIII. No século XVI é possível situá-la no local onde hoje se encontra. Nas centúrias seguintes foi sujeita a várias transformações, justificadas pelo fervor em torno deste culto, entendido como símbolo da união e caridade da Igreja Católica. A configuração atual, de planta centrada e rodeada por três lados em semicírculo, decorreu da campanha de 1707-1708.
Na década de 1630, a Confraria do Santíssimo Sacramento (com existência comprovada desde finais da centúria anterior), mandou executar o emblemático altar de prata. O sumptuoso conjunto que nos chegou resulta, no entanto, de um processo faseado, iniciado no século XVII (sacrário piramidal [1632-1651], frontal [1676-1678] e banqueta [1679-1682]) e continuado nos seguintes.

O corpo do sacrário exibe uma iconografia eucarística e alegórica, reunindo temas do Antigo e do Novo Testamento. O programa estabelece a relação entre o Sacrifício do Cristo, repetido na Eucaristia e patente no Corpo do Senhor conservado no sacrário, e a afirmação da Ressurreição, visível na imagem triunfante do Salvador que remata o conjunto.
As grades de ferro que encerram a capela datam de 1881, tendo substituído umas anteriores do século XVI.

A construção desta capela e respetivo retábulo de talha dourada datam de 1719-1721. A obra destinou-se a receber a imagem milagrosa do Senhor do Além, de enraizado culto local. A atual invocação data de 1968, ano em que o Crucifixo do Senhor do Além e a escultura de Nossa Senhora das Dores foram apeados para dar lugar à imagem de Nossa Senhora da Vandoma, a nova padroeira da cidade do Porto.
Segundo a lenda, uma imagem da Virgem foi trazida de França, no século X, por um grupo de cavaleiros que aqui aportou para combater os muçulmanos. A atual escultura de calcário data, no entanto, do século XV.

A capela foi aberta entre 1719-1721, para receber uma das imagens de maior devoção na catedral: a de Nossa Senhora da Silva. O retábulo de talha dourada data da mesma cronologia. Até então, existia um altar desta invocação no segundo pilar do corpo da igreja (à direita de quem entra), a cargo da confraria dos ferreiros.
Segundo a lenda, a escultura foi encontrada num silvado durante a construção da igreja. Por essa razão, a tradição atribui-Lhe a função de guia das almas para o Céu, afastando as silvas do caminho. Desde cedo foi reconhecida como uma imagem milagrosa, à qual os fiéis atribuíam inúmeros prodígios. A oferta de ex-votos no altar da Virgem ainda se mantém.
A atual imagem deverá datar do século XV, mas o trabalho das vestes que a cobrem data do século XVII. Representa uma Virgem da Ternura, a Mãe afável que estreita o Filho no colo.

São Brás – Martirizado em 316, é um dos santos mais cultuados da cristandade, um curador ao qual a lenda atribui inúmeros milagres. Na imagem está trajado como bispo, apresentando aos pés o milagre da criança que salvou da espinha de peixe cravada na garganta. Por essa razão, é invocado para a cura de todas as doenças da garganta.

Santa Luzia de Siracusa – Mártir do século IV, alvo de grande devoção até aos nossos dias. Na mão direita segura a palma do martírio, símbolo da sua Fé em Cristo e do triunfo sobre a morte. Na direita ostenta um livro, alusivo à sua sabedoria, e um prato com um par de olhos, referente a um hipotético martírio. O nome Luzia significa “a luminosa”, o que explica a proteção da visão e cura das doenças dos olhos. Lendas tardias referem, igualmente, que os olhos da virgem mártir foram arrancados.

A mais antiga referência a uma capela de S. Pedro data do século XIII. A sua localização perdurou no tempo e corresponde a um dos absidíolos românicos da cabeceira medieval, como é visível pelos arcos integrados nas paredes.
O frontispício atual, em talha dourada, foi executado na década de 1720. A monumentalidade da obra teve como intenção a harmonização com o pórtico da capela do Santíssimo Sacramento, localizada no lado oposto do transepto. A talha dourada do retábulo e da cobertura deverá datar das décadas de 1720-1730.
A imagem de São Pedro, orago da capela, ocupa o centro do altar. O apóstolo Pedro (do latim Petrus – pedra), associação simbólica à primeira pedra da Igreja de Cristo, é uma figura ímpar do Cristianismo. De nome Simão e pescador de profissão, foi um dos Doze escolhidos por Jesus e o primeiro a reconhecê-lo como o Messias esperado. Nesta escultura está representado como Papa, vestindo a indumentária própria dos pontífices. Na mão esquerda ostenta duas chaves (o poder de abrir e fechar), o seu principal atributo, e na direita a cruz tripla, insígnia da dignidade papal.

São Jerónimo (c. 347-420) – Um dos Doutores da Igreja Latina, responsável pela tradução da Vulgata (a Bíblia) para latim. Na imagem veste roupas cardinalícias, por ter sido secretário do Papa Dâmaso. Na mão direita segura uma pedra (com a qual se autoflagelava no peito), símbolo da sua penitência no deserto, e na direita um crucifixo, representativo da sua Fé em Cristo.

São Carlos Borromeu (1538-1584) – Personifica os ideais da Reforma Católica, tendo sido canonizado, em 1612, pelo Papa Paulo V. Arcebispo de Milão, foi louvado como modelo dos prelados, o que explica a sua presença neste altar. Traja vestimentas cardinalícias, cruz patriarcal na mão esquerda (de duplo braço) e mitra aos pés, em sinal da sua humildade.


O altar resulta de uma reconstrução da década de 1720, mas a imagem de Santa Ana Mestra (a ensinar a Virgem a ler) remonta ao século XVII. Mãe da Virgem Maria e esposa modelar, foi alvo de grande devoção desde a Idade Média, sendo protetora das parturientes e recém-nascidos. Com São Joaquim, seu marido, pintado no lado esquerdo do altar, é padroeira dos avós.
O retábulo estreita os valores de família, interpretação reforçada pela pintura de São José, à direita, e pelo conjunto escultório do “Regresso da Fuga para o Egipto”: o Menino Jesus caminha acompanhado por Maria e José, o pai adotivo.